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外源核酸誘導(dǎo)的Ago(Crt-SPARTA)系統(tǒng)激活分子機(jī)制,PCR-Clean助力科研

更新時(shí)間:2023-10-15  |  點(diǎn)擊率:535

近日,一項(xiàng)新的研究結(jié)果,為新型基因編輯,基因檢測技術(shù)以及藥物研發(fā)提供了重要理論支撐?;蚓庉嫾夹g(shù),需要對遺傳物質(zhì)進(jìn)行精準(zhǔn)的操控,因此需要嚴(yán)格控制實(shí)驗(yàn)環(huán)境中的核酸污染。德國MB公司生產(chǎn)的核酸污染祛除試劑——PCR Clean,即用型噴霧,可直接噴灑在待清潔物品表面,高效清除核酸污染。

 

Argonaute (Ago)介導(dǎo)RNADNA引導(dǎo)的核酸抑制。雖然真核生物(eAgos)和長原核生物Ago (pAgos)蛋白的機(jī)制是已知的,但短pAgos的機(jī)制仍然是難以捉摸的。

 

近日,科研人員確定了來自Crenotalea thermophila (Crt)的短pAgo和相關(guān)的TIR- apaz蛋白(SPARTA)的低溫電鏡結(jié)構(gòu):一個(gè)自由狀態(tài)的rt-SPARTA (3.27 ?),一個(gè)裝載引導(dǎo)RNA /DNArt-SPARTA (3.27 ?),兩個(gè)具有不同TIR組織的rt-SPARTA二聚體(3.49 ?3.50 ?),以及一個(gè)rt-SPARTA四聚體(3.41 ?)。

 

相關(guān)研究發(fā)表在《Nature》上,文章標(biāo)題為:“Nucleic acid-triggered NADase activation of a short prokaryotic Argonaute"。

 

該項(xiàng)研究中的結(jié)構(gòu),揭示了ct - sparta是由連接TIR葉的雙葉折疊Ago葉組成的。rt- ago含有MIDPIWI結(jié)構(gòu)域,而rt-TIR- apaz含有TIRN-like、LinkerTrigger結(jié)構(gòu)域。結(jié)合的RNA/DNA雙鏈采用b型構(gòu)象,可被堿基特異性接觸識(shí)別。核酸結(jié)合導(dǎo)致構(gòu)象變化,因?yàn)橛|發(fā)器作為一個(gè)障礙,阻止引導(dǎo)RNA 5 ' -和目標(biāo)DNA 3 ' -末端到達(dá)它們的規(guī)范口袋,這擾亂了MID結(jié)構(gòu)域并促進(jìn)了rt- sparta二聚化。兩個(gè)RNA/ dna負(fù)載的rt- sparta二聚體通過它們的TIR結(jié)構(gòu)域形成一個(gè)四聚體。四個(gè)Crt-TIR組裝成兩個(gè)平行的,頭尾相連的TIR組織,表明nadase活性構(gòu)象。

 

該項(xiàng)研究結(jié)果揭示了短pAgos防御入侵核酸的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ),并為優(yōu)化基于sparta的可編程DNA序列檢測提供了見解。


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